Pica finamente la cebolla. Corta el calabacín y los pimientos amarillos en trozos del tamaño de un bocado. Perfora ligeramente la piel de los tomates en forma de 'X' en la parte inferior.

Lleva una olla de agua a ebullición. Coloca con cuidado los tomates perforados en el agua hirviendo durante aproximadamente 1 minuto. Trasládalos inmediatamente a un bol con agua helada.

Una vez que estén lo suficientemente fríos para manipularlos, pela la piel de los tomates. Corta los tomates pelados en cubos pequeños.

Coloca una olla grande o una sartén profunda en la estufa a fuego medio. Agrega 1 cucharada de mantequilla y 1 cucharada de aceite de oliva.

Agrega la cebolla picada a la olla y cocina, revolviendo ocasionalmente, hasta que se vuelva translúcida y blanda, aproximadamente 3 minutos.

Agrega los tomates en cubos a la olla y cocina durante unos 5 minutos, revolviendo con frecuencia.

Vierte la passata de tomate. Sazona la salsa generosamente con sal y pimienta negra a tu gusto. Agrega las ramitas de tomillo y la mayoría de las hojas de albahaca fresca (reserva un poco de albahaca para decorar). Aplasta dos dientes de ajo con tu cuchillo y agrégalos también a la salsa.

Lleva la salsa a un hervor suave, luego reduce el fuego a bajo y déjala cocer a fuego lento durante 30 minutos, permitiendo que los sabores se mezclen y la salsa espese ligeramente.

Agrega los pimientos y el calabacín en rodajas a la salsa hirviendo a fuego lento. Revuelve bien y continúa cocinando durante otros 10 minutos, o hasta que las verduras estén tiernas pero crujientes.

Escurre el atún enlatado y agrégalo a la salsa junto con las alcaparras. Revuelve todo suavemente y calienta durante un par de minutos.

Mientras la salsa termina, calienta una sartén grande separada a fuego medio-alto. Agrega las 2 cucharadas restantes de mantequilla.

Una vez que la mantequilla esté derretida y burbujeando ligeramente, agrega los ñoquis en una sola capa si es posible (cocina en tandas si es necesario). Cocina los ñoquis durante 5-10 minutos, volteándolos ocasionalmente, hasta que estén bien dorados y tengan un exterior ligeramente crujiente.

Agrega los ñoquis crujientes directamente a la olla con la salsa de tomate y atún. Revuelve suavemente para cubrir los ñoquis con la salsa.

Sirve el plato inmediatamente. Decora cada porción con hojas frescas de albahaca que reservaste anteriormente.

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